Daha saltanatının ilk senesinde Emir Güneoğlu meselesi ortaya çıkmıştı. Sultan İbrahim Han’ın ağabeyi Dördüncü Murad Han; 1635 yılındaki İran-Revan seferinde, Revan kalesini fethedip, kale kumandanı Emir Güneoğlu (Mirgünoğlu) Yusuf Paşa’yı esir olarak İstanbul’a
getirmişti. Burada Dördüncü Murad Han’dan af dileyen Mirgünoğlu, mezhep değiştirerek Osmanlı safına geçtiğini söylemiştir. “Tahmasb-kuli-Han” ismi “Yusuf Paşa”ya çevrilen Mirgünoğlu, şiilik propagandaları yapmaması şartı ile Emirgan’da kendisine bir konak verilerek serbest bırakıldı. Bugün Boğaz’da Emirgan olarak bildiğimiz yer, ismini Emirgüneoğlu’ndan almıştır. Bu Mirgünoğlu, sefahate düşkün bir adamdı. Sultan İbrahim Han dönemine kadar, biraz da sıkıyönetim korkusundan faaliyete geçmeyerek bekledi.
Sultan İbrahim Han tahta geçer geçmez bölücü ve yıkıcı faaliyetlerine başladı, çevresine adamlar toplayıp devlet ve sultan aleyhinde konuşmaya da devam ediyordu. Bu adamın şiilik propagandaları, sefih ve ahlaksız hareketleri tespit edildi ve 15 Temmuz 1641’de idam edildi. Sultan İbrahim Han’ın bu hareketi Mirgünoğlu taraftarlarını kızdırdı, ona ve eşi Turhan Sultan’a birçok iftiralarda bulundular. Mirgünoğlu’nu da “Kesik baş Evliya” diye propagandasını yaptılar.
Sultan İbrahim Han’ı “Deli” ve “Gaddar” lakabı ile anan ve adının öyle yayılması için çalışanlardan büyük bir kısmı da, İbrahim Han’ın, memleketin huzuru için öldürttüğü İranlı şii Kesik baş Mîrgünoğlu’nun adamlarıdır.